Ola, tudo bem?
Vi sua postagem no Workana ou Prolancer, nao recordo e me veio a cabeça uma simples idéia. Se nao for mais usar a base no WooCommerce faz o seguinte:
update wp_postmeta set meta_value = meta_value * 0.97 where meta_key='_regular_price'
Isso multiplica por 97% o valor dos produtos.
Se não for querer a mesma base hehe. Ou, para desencargo, faz um backup da tabela e tenta isso.
Até mais :D
ps: Desconsidere minha oferta, ou se funcionar perfeitamente bem fique a disposiçao para uma recompensa hehe.